Los principales problemas de este cuerpo de agua son la desecación o pérdida de la superficie lacustre por insuficiencia de aportes respecto del volumen extraído, el azolve y la contaminación por aguas negras y agroquímicos, lo que ha ocasionado efectos nocivos en las poblaciones vivas que habitan en este ecosistema
Un expediente de hechos sobre la posible omisión de las autoridades ambientales federales de México respecto a su responsabilidad de enfocar políticas y proyectos para lograr la sustentabilidad del lago de Chapala, fue recomendado por la Comisión para la Cooperación Ambiental (CCA).
Esto a partir de una denuncia presentada por ciudadanos y organizaciones mexicanas ante la CCA, organismo encargado de dirimir conflictos ambientales en México, Estados Unidos y Canadá. Los peticionarios aseveran que México está incurriendo en omisiones en la aplicación efectiva de su legislación ambiental en el caso de la cuenca Lerma-Chapala-Santiago-Pacífico, teniendo como consecuencia el supuesto grave deterioro ambiental y desequilibrio hídrico de la cuenca misma, así como el riesgo de que el lago de Chapala y el hábitat de sus aves migratorias desaparezcan.
En la petición presentada ante el Secretariado de la CCA el 15 de agosto de 2003, la Fundación Lerma-Chapala-Santiago-Pacífico, la Sociedad Amigos del Lago de Chapala, el Instituto de Derecho Ambiental, Vecinos de la Comunidad de Juanacatlán, Jalisco, el Comité Pro-Defensa de Arcediano, Amigos de la Barranca, Ciudadanos por el Medio Ambiente, Amcresp y Red Ciudadana aseveran que el gobierno de México está incurriendo en omisiones en materia de gestión del agua.
Afirman que la ciudadanía participó en varias consultas sobre la problemática de la cuenca pero los resultados de dichas consultas no se reflejan en la definición de hechos de los planes y políticas dirigidas a mantener la integridad de la cuenca. Los peticionarios destacan también que el proyecto de la presa Arcediano en el río Santiago no se debió aprobar sin antes resolver el problema de contaminación del río, y aseveran que las autoridades no dieron un seguimiento adecuado al proceso de quejas de ciudadanos de Juanacatlán respecto del monitoreo y la solución del problema de la contaminación del río.
En su respuesta, la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) sostiene que la petición debiera ser desechada, además señaló partes de su respuesta como confidenciales. Argumentó que los criterios de aprovechamiento sustentable del agua fueron considerados en el proyecto de la presa Arcediano, en el que se requirió que el proyecto cumpliera con un conjunto de medidas en su manifestación de impacto ambiental.
Después de revisar la petición a la luz de la respuesta del gobierno de México, la CCA consideró que la petición ameritaba la elaboración de un expediente de hechos con el que pretende esclarecer la manera en la que los comentarios de grupos ciudadanos son considerados no sólo en la adopción de planes y políticas, sino también en su puesta en práctica. Respecto a la restauración del equilibrio del ecosistema del río Santiago, el expediente de hechos podría proporcionar información sobre si las medidas que se han emprendido responden a las anomalías detectadas durante el monitoreo de la calidad del agua del río, incluida, en la medida en que se relacione, información sobre el proyecto de la presa Arcediano.
Antecedentes de demandas ciudadanas
Denuncia popular interpuesta en 1994: En mayo de 1994 un grupo de jaliscienses interpuso una denuncia popular ante la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente, en contra de la Comisión Nacional del Agua (CNA) y de los funcionarios responsables de la aplicación de plaguicidas en el lago, con motivo de
la ejecución del Programa para Control del Lirio Acuático en el Lago de Chapala. Se denunció la degradación del lago por el uso de herbicidas, y
la falta del estudio del impacto ambiental respectivo; a la vez que solicitaban se declarara la situación de emergencia ecológica en el lago.
Denuncia popular interpuesta en 1996: Se presentó otra denuncia popular en contra de la CNA,
del Instituto Mexicano de Tecnología del Agua, del Instituto Nacional de Ecología y de los gobernadores de Jalisco, Michoacán, Estado de México, Querétaro y Guanajuato, por los actos u omisiones de repercusión directa en el deterioro ambiental del vaso lacustre, para declarar el estado de emergencia ambiental en el lago de Chapala, hasta en tanto no se tomaran las medidas técnicas, jurídicas y humanas para superar esta etapa.
